北京大學深圳醫院原名“深圳市中心醫院”，于1999年底建成開業，是深圳市政府投資建成的現代化綜合性醫院。

2001年9月，深圳市政府與北京大學、香港科技大學合作，

醫院更名為“北京大學深圳醫院”和“北京大學深圳臨床醫學院”，納入北京大學附屬醫院管理體系。

北京大學深圳醫院開設52個臨床醫技科室，其中1個國家級合作重點學科、8個省級臨床重點醫學專科、1個省級重點實驗室、8個市級重點學科及實驗室。北京大學深圳醫院有在崗員工2112人，其中擁有副主任醫師以上職稱的高級技術人才681名，碩士以上學位人員535名，有海外留學經歷人員112名。